Далее идут расследование Преображенским приказом очередных упущений Виниуса, навет Меншикова, перевод на низкие должности, странные события при отступлении войск от Гродно, в результате которых Виниус оказывается вместо Киева в Амстердаме, потом в Утрехте, обвинения в предательстве, отписка на государя вотчин, болезнь, письма к Петру с просьбой о милости, долгожданное прощение…
Период после возвращения Виниуса в Россию в 1708 году в литературе обычно характеризуется как продолжение опалы. Это верно только отчасти: былая доверительность отношений между Виниу — сом и царём восстановлена не была. Но можно указать на множество фактов, свидетельствующих, что обещавший прощение Пётр его даровал, а Виниус, обещавший, несмотря на преклонный возраст и болезни, верно служить, именно так и служил. Более того, можно утверждать, что Пётр во многом возвратил Виниусу доверие. Об этом свидетельствует возвращение думного дьяка в политику: он назначается московским представителем при украинском гетмане Скоропадском «для советов о государственных делах» — пост, после измены российской короне предшествующего гетмана Мазепы, далеко не второстепенный. А в следующем жесте Петра — в прикреплении к присмотру за тяжелобольным Виниусом стольника А. И. Ка — литина — нет уже никакого практического интереса — только память о былой верности, трудах и заслугах. Такой характер его отношений с царём, становлению которого как властителя он некогда способствовал, сохранился до конца дней Виниуса.
А. А. Виниус умер, потомков, которые дорожили бы памятью о нём, по себе не оставив. У нас нет даже достоверного его портрета. Полузабытый в старости, позже он был забыт, казалось, полностью и навсегда. Но XIX век о нём вспомнил, XX век эту память сохранил и рядом исследований преумножил. Сейчас всё более отчётливо проясняется своеобразие Андрея Андреевича Виниуса в качестве исторического деятеля и содержание его исторической миссии. Важнейшая её часть состояла в посредничестве в установлении и упрочнении контактов двух культур — русской и западноевропейской, в адаптации и передаче европейского культурного опыта важнейшему российскому деятелю эпохи раннего Просвещения царю Петру Алексеевичу. В этом, по нашему мнению, и состоит главный его вклад в колоссальную культурную работу, благодаря которой Российское государство вступило в век Просвещения.
