Так или иначе, в России Бидлоо сумел не только написать свой первый учебник, но и внедрить новые методы преподавания с демонстрацией наглядных пособий при лечении пациентов из самых разных сословий. Благодаря непосредственному знанию аналогичных садов Амстердама и Лейдена, он также сумел спроектировать регулярный ботанический сад, в котором на постоянной основе выращивали лекарственные растения. Помимо всего перечисленного выше многогранный Бидлоо внёс свой вклад в самые разные области знаний, делясь методикой и навыками таких ремёсел как искусство проектирования триумфальных арок и проведение фейерверков, театр, гидравлика, выращивание растений в оранжереях и применение пожарных шлангов, а также в традицию проведения опытов и обмена знаниями. Его «академические» ботанические сады были открыты для публики, там люди могли встречаться, изучать мир природы и дивиться его чудесам. Садоводство было излюбленным занятием Бидлоо, и в 1708 году, когда срок контракта истек, Бидлоо решил остаться в Москве и продолжить свою работу в качестве директора Военного госпиталя. Он подал прошение царю Петру I — и получил согласие последнего на разработку бесхозного участка на восточном берегу Яузы. Это место неподалёку от Военного госпиталя он украсил фонтанами и аллегорическими статуями, назвав его «приютом отшельника», или своим «малым эрмитажем». Здесь, среди сосен и лип он отдыхал летом и, несмотря на суровый российский климат, выращивал многие виды цветов, фруктов, лекарственных и прочих растений, а также деревьев. Он по-прежнему виделся с государем и тот часто бывал в этом «рае в духе Вергилия», во время своих приездов в Москву.
К сожалению, сад Бидлоо не сохранился из-за того, что Москва разрослась, но мы можем составить довольно полное представление о нём по подробным рисункам, сделанным сепией, и тому описанию сада, которое Бидлоо оставил своим детям примерно в 1730 году. Судя по этому описанию, с высоты птичьего полёта сад был регулярной планировки, разбитый на разной формы сектора, окружённые живой изгородью. Он также был украшен триумфальной аркой, которая прежде стояла перед фронтоном его дома в Слободе. Все важные элементы сада, как, например статуя Дианы напротив бревенчатого домика Бидлоо, круглая беседка, купальня и пруд в форме креста, тщательно пронумерованы и снабжены комментариями на голландском языке.
