Большая часть голландских книг в библиотеку Виниусов попала из Амстердама, около пятидесяти томов получены от Н. Витсена. На трёх книгах сохранились сведения о связях с семейством Витсенов. Прежде всего, это «Священная Библия» форматом в 8-ую долю листа, изданная в Амстердаме в 1632 году известным типографом и издателем атласов Яном Янссонием. На вклеенном листе есть автограф: «Kor. Witzen in Arnem 1661», свидетельствующий о том, что книга до этого года попасть к Виниусам не могла. На фронтисписе и титульном листе автографы «A. Winius» и «Книга Матвея Виниюса». Второй автограф говорит о передаче книги в собственность Матвею Виниусу.

Вскоре были приобретены знаменитые коллекции Альберта Себы и Фредерика Рюйша. История их приобретения неоднократно становилась предметом изучения. Себа состоял в деловых связях с лейб-медиком Петра I Робертом Арескиным и его помощником Иоганном Даниилом Шумахером и первоначально посылал им вместе с лекарственными травами небольшие подарки из своей коллекции. В начале октября 1715 года по просьбе Шумахера он выслал в Петербург каталог своего собрания, и в январе 1716 года Пётр принял решение о его покупке. Он предложил Себе 13 000 гульденов. 20 марта 1716 года Себа подтвердил, что сделка состоялась, и в начале июля 1716 года экспонаты уже были на пути в Россию. Принимал коллекцию Иоганн Даниил Шумахер. Рукописная опись предметов из этой коллекции на голландском языке имеется в БАН в отделе рукописей. В посвящённой Кунсткамере книге Йозин Дриссен эта опись на голландском языке приведена полностью. В её же книге «Царь Пётр и его голландские друзья» часть списка приводится в переводе на русский. Из него видно, сколь трудна задача человека, пытающегося выяснить видовой состав этой коллекции. Однако в ряде случаев даже такая опись дает информацию для поиска конкретных видов.