Коллекцию Рюйша Пётр видел, но при её покупке посредничал Себа. Для примера Себа отослал в Петербург несколько препаратов и каталог коллекции. В 1716 году Пётр виделся с Рюйшем в Амстердаме, навестил и Альберта Себу, купил рисунки Марии Сибиллы Мери — ан. Покупка коллекции Рюйша была поручена Себе, уполномоченному действовать от имени первого лейб-медика царя Арескина, а также придворному лекарю царя Лаврентию Блюментросту. 8 апреля 1717 года контракт между Рюйшем с одной стороны и Блюментрос — том и полномочным представителем Арескина Себой с другой был подписан. За коллекцию уплатили 30 000 гульденов. Отправка задержалась до летней навигации 1718 года. Первое судно прибыло в Петербург в начале июля 1718 года, второе — в начале августа 1718.
Для размещения Музея был избран поступивший в казну дом опального боярина А. В. Кикина, и в 1719 году в Кикиных палатах сокровища себовской и рюйшевской коллекций были предъявлены публике. В 1724 году Кунсткамера с библиотекой вошли в состав Академии наук. В распоряжение Академии был передан дворец царицы Прасковьи Фёдоровны на Васильевском острове, завершённый лишь в 1734 году. Рядом было начато строительство здания, в котором разместились Кунсткамера, библиотека и обсерватория.
Вместе с остальными коллекциями голландские приобретения Петра переместились на Васильевский остров.
В 1742 году был издан первый печатный каталог и альбом гравюр с изображениями внешнего вида здания и планами помещений. К сожалению, уже тогда в каталоге принадлежность предметов к той или иной коллекции не регистрировалось, однако ссылки на каталоги Себы и Рюйша в первом каталоге Кунсткамеры имеются.
5 декабря 1747 года в Кунсткамере возник пожар. Среди утраченных предметов были и приобретённые у Себы и Рюйша, о чём, например, пишет И. Тауберт в рапорте от 15 апреля 1752 года, составленном по поводу покупки второй коллекции. Характеризуя присланный каталог на голландском языке, он сообщает, что «в оном находятся многие такие звери и птицы, которые прежде сего были и в здешней кунсткамере, но при случившемся в Академических палатах нещастливом пожаре згорели».
