К началу XIX века в Москве управление реформатским приходом окончательно перешло в руки двух враждующих внутренних группировок — английской и франко-немецкой. В 1812 году церковь в Ново-Немецкой слободе сгорела и община перебралась ближе к центру города, арендовав помещения в Малом Трёхсвятительском переулке. В 1825 году реформатский приход раскололся. В 1831 году после долгих судебных тяжб англичане вернули франко-немецкой стороне деньги, выделенные российским правительством на восстановление церкви после пожара. В 1834 году старый участок в слободе был продан, и франко-немецкий приход выкупил помещения в Малом Трёхсвятительском. Сначала в них был оборудован молельный зал, а в 1865 году дом был перестроен: появился второй этаж и пристройка с залом на 800 человек. В 1917 году церковь была передана евангельским христианам-баптистам с сохранением служб для кальвинистов, которые велись ещё три года. В советское время это была единственная московская церковь, где продолжались протестантские богослужения — в период с 1928 по 1933 год к баптистам примыкала лютеранская община. С 1940 года в здании велись службы Общины евангелистов седьмого дня и Московской общины христиан-баптистов, к которым в 1993 году перешли права на здание. С тех пор в доме в Малом Трёхсвятительском переулке располагается Центральная баптистская церковь.

Смутное время начала XVII века особым образом оттенило роль иноземцев, связавших жизнь с Московским царством. Как показал С. О. Орленко, говорить о ксенофобии жителей Московии, их неприятии иноземной культуры, видимо, не приходится. Имеющиеся в нашем распоряжении источники скорее повествуют о насмешливом отношении к «немцам», присутствие которых в городе ощущалось на протяжении всей его истории. Следует также понимать разницу между народным отношением к иноземцам и официальной государственной политикой по отношению к ним.