Несмотря на научное признание, в результате как придворных интриг, так и пошатнувшегося здоровья Саншес был вынужден в 1747 году покинуть Россию после 16 лет службы там. При его отъезде Петербургская Академия наук 1/12 сентября 1747 года избрала Саншеса своим почётным членом с жалованьем в 200 руб. в год. Однако через год, 10 ноября 1748 последовало неожиданное решение императрицы Елизаветы: лишить Саншеса и звания, и оклада. Причина: подозрение в его иудействе. Но через 13 лет на престол вступила Екатерина II, которая хорошо помнила, кто спас ей жизнь в 1744 году, когда она была ещё только невестой наследника престола, великого князя Петра. Саншец был восстановлен в звании почётного члена Петербургской Академии наук и ему была назначена ежегодная пенсия в 1000 рублей, с правом брать у него консультации по вопросам науки и педагогики. Позднее, в 1782 году сын императрицы Екатерины II и наследник престола, будущий Павел I, выразил ему в Париже благодарность и сообщил о пожизненном содержании за счёт российской казны.
Покинув Россию в 1747 году, Саншес отправился в Париж, где общался с виднейшими философами и учёными своего времени, такими, как Жан ле Рон Д’Аламбер, Дени Дидро, Жорж-Луи Лек — лер, граф де Бюффон, Шарль Мессье и Жозеф Николя Делиль. К пребыванию Саншеса в Париже относятся работы по воспитанию молодёжи и народов — теме, близкой философам XVIII века, которые стремились доказать, что прогресс является следствием распространения знаний. В течение этого периода он опубликовал также ряд книг по медицине. Увиденное в России вдохновило его на создание «Писем о воспитании Молодёжи» , которые посвящены педагогической и научной деятельности Дворянского коллегиума в Лиссабоне и реформе медицинского образования.
Роль и медицинский авторитет Саншеса были настолько велики, что даже в Париже к нему обращались российские вельможи с просьбой приехать или даже дать консультацию на расстоянии. Его связи с очень влиятельными лицами, такими, как вице-канцлер Михаил Воронцов, граф Кирилл Разумовский, Иван Бецкой, Тимофей фон Клингштедт и князь Дмитрий Голицын свидетельствуют о том, что в высших кругах российского общества этого португальского мар — рана высоко ценили не только как знатока в области образования, медицины, но также и как мыслителя; обменивались с ним научными соображениями, литературными и научными новинками.
