В 1918 году храм на Невском проспекте был национализирован, а его капиталы реквизированы. В 1919 году состоялось последнее общее собрание прихожан-голландцев. Сохранившиеся в Центральном государственном историческом архиве Санкт-Петербурга алфавитные списки членов церковного прихода и книги выдачи пособий бедным также завершаются 1919 годом, а главные книги общины — даже 1918. В 1920 году уехал в Нидерланды пастор Херман Схим ван дер Луф.

Из-за отъезда большей части голландцев на родину к весне 1920 года в общине оставалось всего 20 верующих, в мае того же года церковь даже временно закрывалась. Последний сохранившийся список старшин прихода датирован 3 сентября 1921 годом. 30 июня 1922 года в храме состоялось изъятие церковных ценностей. С сентября 1923 года в церкви по договору с голландской общиной пребывала русская община Иисуса Христа христиан евангелическолютеранского и реформатского вероисповедания, которую сначала окормляли немецкие пасторы Вильгельм Ферман и Гельмут Ганзен, а затем — выдающийся пастор Курт Мусс, погибший в 1930-е годы в Соловецком лагере. Документы этой общины, в том числе протоколы заседаний церковного совета и собраний прихожан за 15 марта 1924 — 31 мая 1926 годы и отчёты общины за 1 января 1924 — 1 июня 1926, сохранились в Центральном государственном архиве Санкт — Петербурга.