Нидерландские книги Лопатинского можно разделить на четыре тематические группы. Во-первых, это справочные издания и компендиумы по различным отраслям знаний. В петровской России, осваивавшей наследие западной культуры, существовал высокий спрос на ресурсы, способные просто растолковать сложную систему барочного мировидения, в которой огромную роль играли символы и аллегории. Лопатинский обладал роскошным изданием Lexicon Universale Якоба Гоффмана — попыткой кодифицировать, по заявлению автора в заглавии, «историю священную и профанную, всякой эпохи и всякого рода; хронологию вплоть до сегодняшнего дня; географию Старого и Нового Света; правителей во всех концах земли генеалогию; мифологию, обряды, церемонии и всё, относящееся к античности…; о мужах достославных. славнейшие рассказы. а кроме того, животных, растений, металлов, камней, драгоценных камней имена, природу и свойства объяснить». К этой же категории можно отнести «Символы и емблемата» , которая тоже есть в собрании Лопатинского. Во-вторых, Лопатинского привлекали книги по современной истории и политической географии, а также истории географических открытий и морских путешествий. Яркими примерами таких книг можно считать «Описание Африки», изданное Эльзевирами и мемуары Йохана Ниухофа о его посольстве в Китай. В-третьих, в библиотеке можно обнаружить нидерландские издания античной классики и творений отцов церкви и древних церковных писателей. Наконец, голландские издания представлены работами по богословию и философии XVI—XVII веков, причём католические и протестантские авторы представлены практически в равной степени. В этой категории особенно примечательно эльзеви — ровское издание «Разговоров запросто» Эразма. Отдельно отметим экземпляр эльзевировского издания «Начал философии» Декарта, который, прежде чем попасть в библиотеку Лопатинского, принадлежал его духовному отцу Стефану Яворскому. Яворский в свойственной ему манере оставил на титульном листе этого издания владельческую надпись и эпиграмму : «Barbara Pyramidum sileat Miracula Memphis / Tu Orbis Prodigium quem saecula nulla tacebunt» . Несмотря на скептическое отношение Яворского к новоевропейской учёности, авторитет Декарта, по — видимому, был привит как ему, так и его младшему современнику Лопатинскому в Киево-Могилянской академии, где французский философ был известен прежде всего своей рациональной аргументацией в пользу бытия Бога.
