Поступившее в Петербург книжное собрание Виниусов не предполагалось хранить как единое целое. В крупных библиотеках в то время книги чаще всего расставлялись по «материям», т. е. в систематическом порядке. С самого своего начала Библиотека его Величества дублетов не хранила, видимо, из-за отсутствия места. Вторая причина распыления многих частных собраний, входящих в настоящее время в БАН, заключается в том, что в течение долгого времени её фонды использовались для организации библиотек вновь открываемых институтов Академии наук, таких как Зоологический и Ботанический институты, Азиатский музей и т. д., БАН должна была также выделять свои фонды, не всегда дублетные, для восполнения или организации таких университетских библиотек, как библиотека Московского университета, сгоревшая во время пожара Москвы в 1812 году, или библиотека Хельсинского университета. В университет попали и книги по теологии и юриспруденции из собрания Виниусов.

Хотя в «Альбоме Виниуса» имеется изображение герба голландских Виниусов, этот герб ни разу не был использован в качестве экслибриса. Свидетельством о принадлежности книг Виниусам служат разновременные записи. Часть из них — автографы отца Андрея Андреевича Андрея Денисовича Виниуса, самого Андрея Андреевича и его сына Матвея Андреевича. Другая часть — в частности, инициалы «A. W.», появились при составлении описи в стенах Библиотеки его Величества. Однако номера при этих инициалах не совпадают с описью, хранящейся в СПФ АРАН, что свидетельствует об их более раннем происхождении.

Анализ книг из собрания Виниусов подтверждает предположение, что собрание было фамильным и ведёт своё начало с приезда А. Д. Виниуса в Москву, т. е. с первой половины XVII века.